Nos fins do século XI começou a idade mais tenebrosa para o judaísmo. O advento das Cruzadas trouxe no seu bojo uma nuvem de trevas que envolveu o judaísmo por mais de sete séculos, uma densa escuridão que só foi iluminada pela luz dos estudos, luz essa que os judeusguardavam com zelo e que nenhuma tempestade, por mais furiosa, pôde apagar. Comunidades inteiras foram exterminadas. A vida dos judeus tornou-se um martírio constante. Contudo, a mais amarga perseguição não pôde extinguir, nem diminuir neles o ardor pelos estudos; este, pelo contrário, se tornou, por assim dizer, ainda mais intenso. O estudo foi sempre considerado pelos judeus como um dever religioso. A mais alta ambição do judeu não era chegar a ser um homem rico, mas um rabi, um estudioso, uma vez que na comunidade somente a instrução ditava o respeito, sendo a ignorância considerada como desgraça. E quando, na idade das trevas, os judeus foram excluídos de todas as profissões honrosas e da comunhão social com seus próximos, os cristãos, eles concentraram-se, aprofundando-se cada vez mais no estudo da sua literatura própria, baseada na Bíblia e no Talmud. Do século XI ao XIV, uma escola de talmudistas franceses, conhecidos sob o nome de Tosafistas, abriu o caminho para a elucidação do Talmud. Um dos maiores estudiosos do século XIII que, além das suas grandes contribuições à Lei Talmúdica, também escreveu um comentário erudito na Bíblia, foi Moisés Nahmânides. Também desempenhou um papel importante no desenvolvimento do misticismo judaico, que naquele período alcançou um lugar proeminente na literatura dos judeus.

Mas mesmo então encontramos alguns judeus que, embora talmudistas, tiveram grandes conhecimentos da cultura leiga da sua época como, por exemplo, o Rabi Tam e o Rabi Moisés Nahmânides, que era médico, comendador, autor religioso e cabalista. Outros judeus distinguiram-se no campo da matemática e de outras ciências (o quadrante, o globo e o relógio do sol foram inventados pelos judeus). Diz-se que Ibn Ezra foi o primeiro que dividiu o globo terrestre em partes, por meio do equador. Sabe-se que Leon de Bonclas inventou o telescópio, tornando assim possível a navegação durante a noite pela observação das estrelas. Quem foi esse Leon? Não foi outro senão Rabi Levi ben Gerson, Ralbag, e não há mais dúvidas que a viagem de Colombo só foi possível graças aos astrônomos judeus.

No século XIV, a literatura judaica entrou numa fase de decadência. As condições terríveis que impunham à vida dos judeus reagiram sobre o espírito, tornando-se manifesta a sua tendência de se retirarem do domínio da pesquisa livre. Contudo, até nesse período de trevas podemos apontar luminares no campo da literatura e da filosofia. Iudá Alharisi escreveu uma belíssima coleção de poemas sob o nome de Tahkemoni, uma das obras primas da produção medieval. Iedidia Bedrachi ganhou fama com o seu Exame do Mundo, traduzido para muitas línguas, inclusive para o inglês. Levi, o filho de Guershom - Gersônides - notável astrônomo do século XIV, cujos trabalhos sobre astronomia, escritos em hebraico, foram traduzidos para o latim pelo papa Clemente VI, escreveu uma famosa obra filosófica: As Guerras do Eterno. Um outro filósofo notável foi Ghasdai Crescas, cuja obra A luz do Eterno exerceu grande influência sobre o pensamento de Spinoza. O livro dos Princípios, tratado de Josef Albo, tornou-se o manual popular da filosofia religiosa. Todavia, todos esses autores eram o reflexo tardio do "Sol Poente do Pensamento Judaico", que por um certo tempo veio a ser dominado por um espírito de exclusivismo e inteiro devotamento ao estudo do Talmud e de seus comentários.